सीएसटीओ में निहित विरोधाभासों को दिसंबर में प्रकाश में लाया गया था, जब सदस्य देश - आर्मेनिया, बेलारूस, कजाकिस्तान, किर्गिस्तान, रूस और ताजिकिस्तान - रूस के निवर्तमान निकोले बोर्ड्युझा के स्थान पर एक महासचिव पर सहमत होने में विफल रहे। यह पद बारी-बारी से एक अर्मेनियाई उम्मीदवार को देने के लिए निर्धारित किया गया था, लेकिन इसे अप्रैल तक के लिए स्थगित कर दिया गया जब कजाकिस्तान और बेलारूस के राष्ट्रपति क्रमशः संगठन के अक्टूबर और दिसंबर 2016 के शिखर सम्मेलन में उपस्थित होने में विफल रहे, जिससे सभा को कोरम हासिल करने से रोक दिया गया।
इससे यह संदेह बढ़ गया है कि बेलारूस और कजाकिस्तान अर्मेनिया के साथ अपने अधिक औपचारिक गठबंधन की तुलना में अजरबैजान के साथ विशेष संबंधों को प्राथमिकता देते हैं। येरेवन हाल के वर्षों में सीएसटीओ सहयोगियों द्वारा अपने प्रतिद्वंद्वी (और गैर-सदस्य) को हथियार बेचने के साथ-साथ आर्मेनिया-अज़रबैजान सीमा पर सैन्य घटनाओं पर प्रतिक्रिया की कमी से निराश हो गया है।
29 दिसंबर को कथित सैन्य घुसपैठ के बाद इन संदेहों को और बल मिला। जबकि आर्मेनिया और अजरबैजान प्रत्येक ने इस घटना के लिए एक-दूसरे को दोषी ठहराया, आर्मेनिया के क्षेत्र में बरामद एक अज़रबैजानी सैनिक का शव अर्मेनियाई भूमि में अज़रबैजान के आक्रमण के दावे का समर्थन करता है। निवर्तमान रूसी महासचिव आर्मेनिया के पक्ष में दिखे और इस घटना को 'उकसाने वाली कार्रवाई' बताते हुए इसकी निंदा की। लेकिन कुछ दिनों बाद उन्होंने पद छोड़ दिया और अन्य सीएसटीओ सदस्यों ने इस बयान पर सहमति नहीं जताई।
अर्मेनियाई और अज़रबैजानी सेनाओं के बीच भविष्य में होने वाले किसी भी संघर्ष में, अर्मेनियाई महासचिव से अधिक कठोर रुख अपनाने की उम्मीद की जाएगी। यह कुछ ऐसा है जिससे बेलारूस, कजाकिस्तान और यहां तक कि रूस भी डरते हैं - अजरबैजान के बारे में तो कुछ भी नहीं कहा जा सकता।
लेकिन विडंबना यह है कि हालांकि सीएसटीओ अर्मेनियाई-अज़रबैजानी संघर्ष में शामिल होने से बचने की कोशिश कर रहा है, फिर भी इसकी निष्क्रियता इसे चल रहे संघर्ष में खींच सकती है नागोर्नी कराबाख विवाद. हालाँकि यह विवाद सीएसटीओ के दायरे से बाहर है, लेकिन इसके खिलाफ निवारक के रूप में कार्य करने में इसकी विफलता है बार-बार होने वाली हिंसा आर्मेनिया-अज़रबैजान सीमा पर संघर्ष के आसपास नकारात्मक गतिशीलता बढ़ती है और क्षेत्र की समग्र असुरक्षा बढ़ जाती है। इसके अलावा, एक उच्च जोखिम है कि अज़रबैजान और नागोर्नी कराबाख के बीच तनाव आर्मेनिया तक फैल सकता है, जिससे सीएसटीओ प्रतिक्रिया की आवश्यकता हो सकती है।
इसके अलावा, सीएसटीओ को नाटो के प्रतिसंतुलन के रूप में स्थापित करने के रूस के प्रयास आर्मेनिया को और अधिक परेशान कर सकते हैं। देश दोनों गुटों के बीच अपने रक्षा संबंधों को संतुलित करने की कोशिश कर रहा है, और नाटो शांति अभियानों में योगदान देने वाला एकमात्र सीएसटीओ सदस्य है। यदि दोनों गुटों के बीच संबंध खुले तौर पर टकराव की स्थिति में आ जाते, तो येरेवन के लिए दोनों के बीच पैंतरेबाज़ी करना एक वास्तविक चुनौती होती।
सच्चाई यह है कि सीएसटीओ अर्मेनियाई-रूसी द्विपक्षीय संबंधों का एक औपचारिक घटक है; यह रूस के साथ सैन्य गठबंधन है जिसे आर्मेनिया की सुरक्षा के लिए महत्वपूर्ण माना जाता है। इससे यह सवाल उठता है कि क्या आर्मेनिया ने सीएसटीओ में जो राजनीतिक, वित्तीय और मानव पूंजी का निवेश किया है, वह ऐसे निष्क्रिय और अप्रभावी सैन्य गुट में फंसने की कीमत के लायक है। अपने और क्षेत्र के हित में, रक्षा नीति पर पुनर्विचार करना उचित हो सकता है।